Bratislava’da bulunan okul Slovakya’nın en eski üniversitesidir. 27 Haziran 1919 da kurulmuştur. 1463 yılında, Macar Kralı Matthias Carvinus tarafından kurulan Academia Istropolitana Üniversitesi’ni örnek almıştır.

Tıp Fakültesi Comenius Üniversitesi’nin eski fakültesidir. 1919 da çalışmaya başlamıştır. Kuruluşunun ilk 5 yılında sadece klinik dersler verilmiştir. 1945 den sonra diğer tüm dersler okutulmaya başlanmıştır. 1939-1952 yılları arasında eczacılık okuyanlarda bu fakültede eğitim almışlardır. Üniversite Slovakya’da başka tıp okullarının da açılmasına vesile olmuştur.

Hukuk Fakültesi 1921 yılında kurulmuştur. Yasal teoride uzmanlığı tescillenmiş uzmanlar, siyasiler bu fakültede eğitim görmüşlerdir.

Felsefe fakültesi üniversitenin en eski fakültelerinden biridir. Okul, Prag Charles Üniverisetesi’nin aktif profesörlerinin yardımıyla 1921 de kurulmuştur. Lise öğretmenlerini eğiten okul felsefe fakültesi aynı zamanda insanlık alanındaki ilk profesyonel öğretmenlerini de eğitmiştir.

Doğal bilimler fakültesi üniversiteyle birlikte 1919 yılında kurulmuştur ancak faaliyetlerine 1940 yılında başlamıştır. Birçok bilimsel disiplin 1960 ların başlarında gelişmiştir.

Eğitim fakültesi öğretmenlerin eğitimi 1946 yılına dayanır.  Fakültenin branşları, 1949‟da Banská Bystrica ve Košice„ de açılmıştır. Pedagojik eğitimi yeniden düzenledikten sonra, öğretmen eğitimi, College of Education‟a, diğer pedagojik kolejlere daha sonrada pedagojik enstitülere taşınmıştır. Fakülte, Comenius Üniversitesinin eğitim fakültesinde, Trnavadaki pedagojik enstitüye dönüştükten sonra 1964 yılında yeniden comenius üniversitesinin bir parçası haline gelmiştir. 1986‟da fakülte Bratislava‟ya transfer edilmiştir.

Eczacılık fakültesi 1952 yılında kurulmuştur. Kurulmadan önce Comenius Üniversitesinde ; 1939‟da 2 yıllık,1940‟ta 3 yıllık,1948‟de 4 yıllık dersler mevcuttu. Çek Cumhuriyetinin Bruno şehrindeki eczacılık fakültesiyle birleştikten sonra faülte 1960 ile 1969 yılları arasında Czecho-Slovakia‟nın tek ulusal fakültesiydi.

Beden eğitimi ve spor bölümü Beden eğitimi öğretmenleri, 1939‟da felsefe fakültesinin bir parçası olan beden eğitimi enstitüsünde eğitilmeye başlanmıştır.

Jessenius Tıp Fakültesi Martin kasabasındaki hastanenin uzun süren gelenekleri  doğrultusunda 1962‟de Tıp fakültesinin branşının kurulmasına vesile olmuştur.  Bütün genel tıp dersleri 1966‟nın başlarında açılmıştır.

 Roman Catholıc Cyrılomethodıan ilahiyat fakültesi The Roman Catholic ilahiyat fakültesi yasal olarak 1919‟da kurulmuştur. 1940‟ta üniversitenin bir parçası haline gelmiştir. 1950‟de kültür bakanlığının yönetimi altına girmiştir. 1 ağustos 1990 yılında Comenius Üniversitesinin bölümlerine katılmıştır. Eğitim enstitüleri Bratislava, Nitra, Banská Bystrica, Spišské Podhradie ve Košice şehirlerinde personel seminerleri vermiştir.

Evangelıcal ilahiyat fakültesi ilk Slovak Evangelical ilahiyat koleji 1919‟da bir önceki ilahiyat fakültesinde kurulmuştur. 1939‟da, Slovak ilahiyat fakültesi olarak yeniden adlandırılmıştır. 1 Temmuz 1990 tarihinde parçası olduğu Comenius Üniversitesi’nin dışında kalmıştır. Yönetim Fakültesi Kasım 1989‟dan sonra yeni bilim dalları geliştirmek için yeni imkanlar yaratılmıştır. Bunlar, yönetimin eğitimi alanındaki üniversitenin vasıflı uzmanları 1991‟de yeni bir fakülte kurarak yansıtılmıştır.

 Sosyal ve Ekonomik Bilimler Fakültesi 2002‟de en yeni ve en genç fakülte olarak kurulmuştur. İlk görevi; teorik bilgileri geliştirmek, ekonomik bölgesel alanların çalışmalarını, Avrupa‟ya ait çalışmaları, uluslarası ilişkiler ve aynı zamanda sosyal-politik bilimlerin uygulanmasına yardım edecektir.

Yurtdışında okumak istiyorsan eğer Slovakya tam sana göre..

Kolay uyum sağlayabileceğin, çabuk alışabileceğin…

Çağdaş, modern ve öğrencilerin sosyalleşmelerini sağlayan tüm olanakların sağlandığı bir üniversitede okumak istemez misin?

O halde kararını ver ve geleceğe doğru adımlarını atmaya başla…

Karar senin, gelecek senin…